Ферапонтов монастырь основан в конце XIV века монахом московского Симонова монастыря преподобным Ферапонтом. Тогда же был построен и первый деревянный храм Рождества Богородицы, украшенный основателем иконами и книгами. Как можно судить по монастырским документам, во второй половине XV века храм перестраивался или ремонтировался. В конце 80-х годов XV века в монастыре случился сильный пожар, в огне которого сгорели не только все деревянные постройки первого века существования обители, но, по-видимому, и все имущество – уцелели лишь подризник и фелонь преподобного Мартиниана да антиминсы (подлинные церковные документы) монастырского храма. Неизвестно ни одной иконы, происходящей из Ферапонтова монастыря, датируемой ранее конца XV века, кроме двух рукописей, относимых к середине XV века.Монастырская традиция считает, что после пожара на средства бывшего ростовского владыки Иоасафа Оболенского, ушедшего на покой в Ферапонтов монастырь, был построен каменный собор Рождества Богородицы, расписанный в 1502 году знаменитым московским иконописцем Дионисием. О времени этой постройки не сохранилось никаких документов, но во время реставрационных работ в монастыре в 1913 году архитектор А. Г. Вальтер обнаружил в нише престола пять антиминсов. В 1921 году их опубликовал К. К. Романов, связав антиминс 1490 года с каменным собором.Поразительно, но почти до самого конца XX века ни у кого из исследователей не возник вопрос об облике ферапонтовского иконостаса времени освящения собора.Первые полностью сформировавшиеся высокие иконостасы возникли в Москве в эпоху Феофана Грека и Андрея Рублева. К тому моменту, когда Дионисий приступил к созданию иконостаса в соборе Рождества Богородицы в Ферапонтове, история высокого иконостаса насчитывала уже около ста лет своего существования.